Środowisko KSeF, z którym ma się komunikować moduł księgowy, wybiera się, i wprowadza token do tego przeznaczony, na stronie "Dane identyfikacyjne" okna danych firmy. 

• Możliwość wprowadzenia numeru KSeF faktury w oknie rejestracji dokumentu, podglądu w KSeF faktury o podanym numerze, wypełnienia okna dokumentu danymi z tej faktury (tj. jej importu). 

• Możliwość podejrzenia faktury z KSeF w oknie-tabeli zarejestrowanych dokumentów. Wystarczy wybrać z menu "Dokument \ Zobacz w KSeF fakturę postaci" okna-tabeli zarejestrowanych dokumentów polecenie "PDF bez kodu QR", "PDF z kodem QR", "HTML" lub "XML". Do podglądu w postaci HTML służy też guzik  na pasku poleceń okna-tabeli dokumentów. Oczywiście podgląd faktury jest możliwy tylko dla dokumentów, które mają przypisany numer faktury KSeF. Wydruk PDF z kodem QR może być przydatny, ponieważ niektóre urzędy mają na tej podstawie weryfikować autentyczność dokumentu. Tak na przykład mają być weryfikowane faktury zakupu w Wydziałach Komunikacji. 

• Import dokumentów z numerami KSeF.

• Na razie numery KSeF mogą być przenoszone do rejestru dokumentów z plików Puzzle XML, plików Kamsoftu i przy imporcie bezpośrednio z KSeF (o którym piszemy dalej).

• Pliki Puzzle XML zawierają informację z jakiego środowiska KSeF pochodzą zawarte w nich numery KSeF, i jeśli jest to inne środowisko niż wybrane dla modułu księgowego, to numery KSeF są pomijane przy imporcie.

• Numery KSeF w plikach Kamsoftu (format KS-FKW-XML) pochodzą wyłącznie ze środowiska produkcyjnego, więc zawarte w nich numery KSeF są importowane tylko jeśli dla modułu księgowego też jest wybrane to środowisko. 

• Import faktur z KSeF.

W oknie kreatora importu dokumentów księgowych, otwieranym poleceniem "Operacje \ Import" z menu okna-tabeli zarejestrowanych dokumentów, jest obsługiwane nowe źródło dokumentów - KSeF. Po wybraniu tej opcji i podaniu jakie faktury (czy dostaw czy nabyć, kiedy wystawione) mają być importowane, dokumenty są pobierane bezpośrednio ze środowiska KSeF wybranego dla modułu księgowego.

Zaletą importu z KSeF jest możliwość wyeliminowania konieczności dostarczania przez podatnika do biura rachunkowego faktur nabyć i dostaw, o ile podatnik upoważni biuro do pobierania ich bezpośrednio z KSeF. Odpadnie też konieczność rejestrowania (wprowadzania) papierowych faktur lub ich skanów.

Wadą importu z KSeF jest to, że importowane są same dokumenty (tj. faktury), bez prawie żadnej dekretacji. Jedyna dostępna w KSeF dekretacja to rozróżnienie dostaw od nabyć. W kreatorze importu dodaliśmy jeszcze wybór czy faktury nabyć mają być rejestrowane jako zakup towarów handlowych czy pozostałe wydatki. Reszty dekretacji trzeba będzie dokonać edytując zaimportowane dokumenty. W przypadku biur rachunkowych oznacza to potrzebę dodatkowej komunikacji z klientami by mogli oni dokonać dekretacji. Na przykład podać czy wydatek dotyczy samochodu, i którego z posiadanych przez podatnika. Podatnik powinien też wskazać dokumenty nabyć, które zostały mu błędnie wystawione i których nie przyjmuje, oraz te których nie uznaje za koszty swojej działalności (nabycia prywatne). 

Środowisko KSeF, z którym ma się komunikować moduł fakturowania, wybiera się, i ustawia parametry tej komunikacji, na stronie "Fakturowanie" okna danych firmy. 

Obsługa KSeF w module fakturowania sprowadza się zasadniczo do wysyłania faktur do KSeF oraz pobierania nadanych im tam numerów KSeF oraz UPO, albo opisów błędów - w przypadkach odrzucenia faktury przez KSeF. Odrzucone faktury można wysłać ponownie, najlepiej po usunięciu przyczyny odrzucenia (np. problemu z uprawnieniami wysyłającego, lub z zawartością faktury). 

Informacje nt. wysyłki faktur do KSeF są prezentowane w oknie-tabeli faktur. W menu tego okna znajduje się też większość operacji związanych z KSeF. Wyjątek stanowi wysyłka wsadowa faktur, którą wykonuje się ze schowka faktur.